Ya por copa Sudamericana, en el año 2006, en la primera clasificación a este torneo, Lanús se enfrentó a Corinthians. El granate pasó a cuartos de final con 4 goles a favor y dos en contra. Un año después, por la misma competencia y por octavos de final jugó contra Vasco da Gama, donde el equipo Brasilero siguió en la copa con un resultado global 3-2. En 2013 el único encuentro en el país vecino fue en la final ante Ponte Preta. El partido de ida terminó en empate en un tanto mientras que el partido de vuelta, en la cancha de Lanús fue 2-0, resultado con el cual obtuvo la Copa Total Sudamericana.
En Julio de 2014 enfrentó a Atlético Mineiro, ganador de la copa Libertadores, por la Recopa Sudamericana donde los cariocas resultaron vencedores por un global de 5-3.
Por parte de la Copa Libertadores, en el año 2012 se enfrentó a Flamengo en la fase de grupos y a Vasco da Gama en los octavos de final. Los primeros partidos del grupo 2 finalizaron 1-1 y 3-0 a favor del equipo brasilero. Los encuentros ante Vasco da Gama finalizaron ambos 2-1 para el conjunto local y a raíz de los tiros de penales Lanús concluyó su participación de esa edición.
En cuanto a la actual Copa Conmebol Libertadores Bridgestone 2017 el granate se cruzó en la fase de grupos a Chapecoense. El primer partido en Brasil lo ganó Lanús por tres tantos ante uno. Si bien el segundo encuentro el juego fue para el equipo brasilero por dos goles a favor y uno en contra, debido a la inclusión irregular del jugador brasilero Luiz Otávio, la Conmebol se lo dio por ganado a Lanús 3-0.
